Para llegar a esta final, después de lograr el campeonato regional, eliminó sucesivamente al Barreda Balompié, a la Sociedad Deportiva Deusto (jugada la ida en el Estadio de San Mamés) y al Club Atlético Osasuna. El día del partido el Athletic se lo tomó como una final, al salir los jugadores al campo se mostró un mosaico rojiblanco en San Mamés, para animar más si cabe al equipo. El partido de vuelta fue muy emotivo para la afición rojiblanca, que estaba muy ilusionada por tener la oportunidad de llegar a la final. Antes de acabar la temporada el Athletic tuvo la oportunidad de resarcirse de la eliminación en UEFA tratando de ganar la semifinal de Copa del Rey para poder llegar a la final. Mientras en la Copa del Rey el Athletic marchaba bastante bien y se clasificó para las semifinales. El primer penalti lo tiró Ezquerro para el Athletic y lo falló (curiosamente los dos jugadores que fallaron los penaltis del Athletic, Ezquerro y Asier del Horno, se marcharón del Athletic ese mismo verano) a continuación el Betis marcó y el Athletic cayó eliminado de la Copa del Rey. En la tanda de penaltis comenzó fallando Asier del Horno el primer penalti para el Athletic, posteriormente el Betis falló otro y se hubo de realizar una segunda tanda.
En el verano de 2005 abandonaron el club Santi Ezquerro, que se fue al F. C. Barcelona tras finalizar su contrato, y Asier Del Horno, equipacion españa traspasado al Chelsea FC por 12 millones de euros. El club tuvo un muy buen plantel, con jugadores como Richard Porta, Jonathan Urretaviscaya, Jorge Rodríguez, Bruno Montelongo, Robert Flores o Henry Giménez. Como sustituto de Ernesto Valverde llegó al banquillo José Luis Mendilibar, procedente del Sociedad Deportiva Eibar. Antes de iniciarse la pretemporada Lamikiz intentó renovar a Valverde pero este rechazó la oferta por desacuerdos y falta de entendimiento con la Junta Directiva de Lamikiz. El presidente Fernando Lamikiz no volvió a aparecer en prensa prácticamente, los jugadores bajaron muchísimo su rendimiento y se hablaba de problemas en el vestuario. En el 2000 Daniel Caiazzo y Juancho Ambrosoni comenzaron con la Liga nuevamente y el primer presidente electo fue Luis Fuques, luego le seguirían Machiavello, Adolfo García da Rosa y Julio Blanco. En julio de 2005 el Athletic jugó por primera vez en su historia la Intertoto, entrando directamente en la segunda ronda del torneo. El cuarto encuentro llegaría el 12 de julio en el mismo escenario neoyorquino, contra el Estrella Roja de Belgrado, quien cortó de raíz la buena marcha de los entonces discípulos de Ricardo Zamora al derrotarlos por un contundente 7-2. El 16 de julio, de nuevo en el Polo Grounds, la derrota por 5-1 frente al Dukla Praga alejó al conjunto españolista de toda opción de clasificación para la final.
En 1797 San Andrés participará en la defensa de la isla frente al ataque del almirante Horacio Nelson, al enviar milicianos de la localidad al puerto de Santa Cruz y al evitar con su castillo el asalto de los ingleses por esta parte de la costa. Este hecho se suma al que protagonizó a principios de la temporada, cuando firmó un acuerdo de patrocinio con el club, mediante el cual el equipo luciría en las equipaciones la publicidad de la empresa vinícola que el jugador posee en su localidad natal Fuentealbilla (en la provincia de Albacete), llamada Bodegas Iniesta. La selección de fútbol de Israel es el equipo formado por jugadores de nacionalidad israelí que representa a la Asociación de Fútbol de Israel (en hebreo: ההתאחדות לכדורגל בישראל HaHitakhdut leKaduregel beYisrael; IFA) en las competiciones oficiales organizadas por la Unión Europea de Asociaciones de Fútbol (UEFA) y la Federación Internacional de Asociaciones de Fútbol (FIFA). Liga de 10 equipos desde la temporada 1928-29 (primera edición) hasta la temporada 1933-34 (inclusive), Liga de 12 equipos desde la temporada 1934-35 hasta la temporada 1940-41 (ambas inclusive, aunque entre 1936 y 1939 no hubo competiciones debido a la guerra civil), Liga de 14 equipos desde la temporada 1941-42 hasta 1949-50 (ambas inclusive), Liga de 16 equipos desde la temporada 1950-51 hasta la temporada 1970-71 (ambas inclusive), Liga de 18 equipos desde la temporada 1971-72 hasta la temporada 1986-87 (ambas inclusive), Liga de 20 equipos a partir de la temporada 1987-88 hasta la actualidad, con las excepciones de las Ligas 1995-96 y 1996-97 con 22 equipos.
Sin embargo la UEFA le invitó a jugar la Intertoto por haber sido el mejor de los equipos no clasificados inscritos a dicha competición. En la liguilla en Athletic se enfrentó a los siguientes equipos cosechando estos resultados; Athletic 2-0 Parma FC, Beşiktaş 3-1 Athletic, Athletic 1-0 Steaua de Bucarest, Standard de Lieja 1-7 Athletic. Terminó como líder de grupo y logró una goleada histórica: 1-7 al Standard de Lieja, la cual fue la mayor goleada del Athletic en competiciones europeas. 13 de marzo, la UEFA anunciaba también la suspensión temporal de las competiciones europeas. Afortunadamente los jugadores del Athletic se dieron cuenta de que habían trabajado mucho para conseguir estar en UEFA y no podían quedar eliminados tan pronto, en un arreón el equipo bilbaíno marcó 2 goles que dieron un soplo de alivio para afrontar con menos desventaja el partido de vuelta. No fue hasta 2 meses después cuando el Athletic volvió a retomar la UEFA. En el partido de ida el Athletic empató 0-0 contra el Betis en Sevilla, todo quedaba para resolverse a la vuelta. Durante los días previos al partido Vizcaya entera se tiñó de rojiblanco, hasta se podían observar banderas del Athletic colgadas en ventanas y balcones.
