A partir de 1998 en varios diseños los años de utilización difieren al fútbol masculino debido a que el equipo femenino de Boca Juniors, nueva camiseta del barça utilizó por más de dos décadas camisetas diseñadas para hombres y no para mujeres. Ese mismo día por la tarde, las jugadoras campeonas pudieron asistir a La Bombonera para poder dar la vuelta olímpica ante todo el público, fue la única vez que el equipo femenino de Boca Juniors pudo dar una vuelta olímpica en el estadio oficial ante el público. En 1992 las jugadoras pudieron disputar otros tres partidos en La Bombonera. Las Gladiadoras volvieron a pisar el césped de La Bombonera tras dos décadas. Las cámaras permiten grabar e identificar de modo exhaustivo a personas en cualquier sector del estadio que intenten cometer desmanes en el recinto deportivo. Códigos de trucos (Wii): por primera vez desde Madden NFL 07, se ha implementado un sistema de códigos de trucos para desbloquear contenido como el modo franquicia y el estadio Super Bowl XLIV. A partir del Apertura 2003 comenzaría su mejor época, Boca se consagraría como campeón de la Primera División durante diez campeonatos consecutivos (del Apertura 2003 al Clausura 2008) con un total de seis años consecutivos logrado ser campeón contabilizando en ese momento con 16 Campeonatos Femeninos.
Boca no pudo participar en el Clausura 2003 a causa de que la mitad de sus jugadoras estaban convocadas a la Selección Argentina para disputar la Copa Mundial Femenina de Fútbol de 2003 realizada en Estados Unidos, por esa razón el club decidió no presentarse al campeonato. 1998: 9.º Torneo Apertura, 5.º Torneo Clausura. El 19 de enero de 2021, se llevó a cabo la primera final en la era profesional de fútbol femenino de Argentina por el Torneo Transición 2020 en el Estadio José Amalfitani. Ese mismo año, el 6 de diciembre, Boca Juniors se enfrentaría por la mañana contra Central Ballester ganando en la última fecha por 7 tantos contra 1.Éste fue el primer gran logro del equipo, coronándose campeonas del Campeonato Femenino de 1992 por primera vez en su historia dejando esta vez como subcampeón a River por un punto debajo de las Xeneizes. Las Xeneizes salieron con el siguiente equipo titular: Laurina Oliveros; Julieta Cruz, Florencia Quiñones, Noelia Espíndola y Eliana Stábile; Lorena Benítez, Clarisa Huber, Fabiana Vallejos; Carolina Troncoso, Andrea Ojeda y Yamila Rodríguez. Hasta 1997/1998 los uniformes que utilizaban las jugadoras de fútbol femenino iban en concordancia con las que utilizaba el equipo masculino, hasta que se produjo un cambio.
El sábado 9 de marzo de 2019 se dio un encuentro histórico debido a que el plantel de Fútbol Femenino de Boca Juniors «Las Gladiadoras» por primera vez jugaban un partido oficial en La Bombonera en la era profesional, en el marco de una iniciativa por el club Xeneize por el Día Internacional de la Mujer. Si bien el equipo femenino de Boca Juniors cuenta al día de la fecha con 24 campeonatos que equivaldría a 24 estrellas, se utiliza el mismo escudo del masculino y así en todas las disciplinas del club. A diferencia de otras instituciones donde se firmaron 8, 10 o 15 contratos, el club Xeneize realizó 21 contratos para las jugadoras. A partir de 1993 sería el comienzo de una etapa difícil, ya que durante cinco años consecutivos (de 1993 a 1997), Boca terminaría como subcampeón detrás de River, que se consagraría campeón en todos esos campeonatos dejando un historial de copas negativo para el xeneize en ese momento (Seis Campeonatos Femeninos ganados por River y tan solo uno de Boca). El conjunto «Xeneize» y el de la banda habían vencido a las locales en sus respectivos partidos. Aunque no se especifica en las reglas del fútbol, se considera un principio de este deporte que los árbitros vistan una indumentaria de un color distinto al de los dos equipos.
En 1972 se trasladó a Canadá de la mano de Bobby Cram, jugador del Colchester que viajó para incorporarse como jugador y entrenador de Vancouver Spartans, donde jugó durante dos temporadas. Trabajaba como operario en el puerto y pensó que la bandera del siguiente barco que pasase por el muelle determinarían los nuevos colores. Volverían a ganar el campeonato en el Apertura 2009 pero este iba a tener un plus diferente ya que gracias a este nuevo título Boca por primera vez en su historia jugaría la segunda edición de la Copa Libertadores Femenina del año 2010, convirtiéndose en el segundo equipo argentino en disputarla, después de San Lorenzo de Almagro en el año 2009. Boca integraría el Grupo 2 de la copa junto al Everton de Chile, la U.A.A. Posteriormente, consiguió reponerse y vencer a Irlanda del Norte en su segundo choque. 2 a 2, mientras que el último partido sería ante el Everton con otro empate esta vez por 1 a 1, esa fase de grupos Boca terminaría en segundo lugar con 8 puntos solo superado por el Everton de Chile con 10 unidades. Se aseguró que habría una segunda fase de venta de acciones para democratizar el club pero nunca llegó a realizarse.
