A finales de la década de 1980, el club, al igual que todo el fútbol uruguayo, estaba sumido en graves problemas económicos. A pesar de su poca trayectoria, Colombia ha conseguido consagrarse como una selección con proyección continental y mundial en la modalidad gracias al talento de sus jugadores, talento que desarrollan en la Liga Colombiana de Fútbol Sala de Colombia. Este mismo año, la Copa Intercontinental se jugó por primera vez a un partido único en Japón, gracias a la gestión de los dirigentes tricolores, que pudieron convencer a los europeos que se rehusaban a participar de la competencia. Se tratará además de la decimoctava participación consecutiva, lo que constituye un récord a nivel de dicha competencia. Tras la salida de Gutiérrez, contratado por el Al-Shabab, Nacional pasó a ser dirigido por Gustavo Munúa, que hasta entonces se desempeñaba como arquero y capitán. Debido a los resultados irregulares, a comienzos de marzo de 2013 la Comisión Directiva lo sustituyó por un interinato conformado por el exjugador Juan Carlos Blanco junto al técnico del plantel de 3.ª División, Gustavo Bueno, como asistente. Comisión Directiva nombró para la temporada siguiente a Gustavo Díaz, extécnico de Defensor Sporting en la reciente semifinal disputada por la temporada anterior.
Luego de tres años, Nacional recuperó el título de campeón uruguayo en la temporada 2008-09 dirigido por Gerardo Pelusso. Dirigido por Gerardo Pelusso accedió a semifinales de la Copa, luego de superar a River Plate argentino, Nacional paraguayo y San Martín peruano en fase de grupos, y al Palmeiras brasileño. El equipo finalizó la temporada 2012-13 en la tercera ubicación de la Tabla Anual y logró la clasificación a la Primera Fase de la Copa Libertadores 2014, en la que fue su cuadragésima primera aparición en la Copa. El 16 de junio de 2012 jugó la semifinal de la temporada 2011-12 frente a Defensor Sporting, consagrándose bicampéon del Fútbol Uruguayo tras ganar 1:0. Obtuvo así su 44° Campeonato Uruguayo, triunfando en los dos clásicos de la temporada con la decisiva participación de Álvaro Recoba, quien convirtió un gol de penal en la hora en el clásico del Apertura para la victoria 2:1 y otro de tiro libre para el 3:2 del Clausura. Esta se ha mantenido durante todo el periodo con una sola excepción: en la temporada 1982-83 participó un equipo de la provincia de Cádiz (la R.B.
En lo que fue considerada como una de las finales más emotivas de la historia de la Copa Intercontinental, Nacional derrotó al equipo neerlandés por penales. Desde 2021 tiene los derechos para Asturias, de todos los contenidos de Orange TV, todos los canales que emiten en abierto a nivel nacional de España en la TDT, todos los canales autonómicos y provinciales que emiten en abierto en la TDT en los diferentes territorios pertenecientes Asturias. Bajo la conducción de Pelusso, Nacional realizó su peor campaña histórica por Copa Libertadores 2014, cosechando apenas un punto en la fase de grupos. Con el nuevo equipo técnico Nacional eliminó a Peñarol por 2:0 y clasificó a la Copa Libertadores de 1980. Superó en la fase de grupos a Defensor y a los bolivianos The Strongest y Oriente Petrolero, en semifinales a O’Higgins de Chile y a Olimpia de Paraguay, clasificándose para disputar la final ante Internacional de Porto Alegre. El equipo de Munúa tuvo un buen desempeño por la Copa Libertadores, siendo eliminado por penales por Boca Juniors. En 2009, Nacional logró su mejor participación en Copa Libertadores de los últimos veintiún años. En la Libertadores de 2003 el equipo era aún más poderoso, y protagonizó recordados enfrentamientos contra el Santos, finalizados 4:4 en Montevideo y 2:2 en Vila Belmiro.
Torneo Intermedio, camiseta de futbol sufrió un duro revés internacional al resultar eliminado en la fase de grupos de la Libertadores. En el Torneo Clausura finalizó segundo detrás de Defensor Sporting pero volvió a conseguir la Tabla Anual sacándole 5 puntos de diferencia a sus más inmediatos perseguidores. El siguiente entorchado fue recordado por el día en el que los catalanes visitaron el Estadio Santiago Bernabéu para el correspondiente encuentro de Liga, en donde tras haberse proclamado campeones matemáticos, los barcelonistas les recibieron con el «pasillo de campeón» para finalizar a dieciocho puntos en la tabla. José María Delgado. El himno se entona en varios actos de Nacional, destacando la entrega de medallas a los asociados que cumplen treinta o cincuenta años ininterrumpidos en la institución. El estatuto de Nacional establece que los colores que representan al club son el azul, el blanco y el rojo, como reflejo de los símbolos patrios del Uruguay y tomados de la bandera del máximo prócer de la independencia uruguaya, José Gervasio Artigas. Lo único relevante fue el primer gol salvadoreño en el certamen, anotado por Luis Ramírez Zapata, aparte del buen desempeño de González. Fue en febrero de 1981 cuando Nacional obtuvo su segunda Copa Intercontinental, venciendo al Nottingham Forest de Inglaterra por 1:0, camiseta españa 2024 con gol de Waldemar Victorino.
