«La Escuela de Fútbol Aluche y la Federación dicen NO a la violencia y al insulto, camisetas de fútbol y SÍ al respeto». ↑ Federación Madrileña de Fútbol. ↑ Desde La Banda – Fútbol Navarro. ↑ Desde La Banda – Fútbol Navarro (ed.). ↑ a b «Ejemplos del fútbol base.». Solo los jugadores nacidos a partir del 1 de enero de 1993 fueron elegibles para este torneo. De hecho, el 9 de enero de 1994 disputó el último encuentro en el antiguo Cerro del Espino frente a la R.S.D. Se hacía necesaria una federación y aspirar así a mayores menesteres y, así, en el mes de enero se constituye la Federación Aragonesa de Foot-Ball y, en marzo, la Federación Aragonesa de Sociedades Deportivas. Para la temporada 2023/24, el Rayo Majadahonda ha firmado un acuerdo de filialidad con el CUC Villalba, equipo que compite en la Tercera Federación Grupo VII. En la temporada 1997/98 el Rayo Majadahonda debutó en Segunda División B gracias al descenso del Real Madrid C, camisetas fútbol si bien terminaría perdiendo la categoría ese mismo curso. En 2018 el Club firmó con el Club de Fútbol Tres Cantos una alianza por la cual este último club pasaría a ser un filial de facto del club rayista, pese a ser dos clubes con propietarios diferentes, dada la inexistencia de un Rayo Majadahonda «B» cuando el club rayista ascendió a Segunda División.
Desde la temporada 2020/21 hasta la temporada 2022/23, se mantuvo un acuerdo de filialidad con el C.D. Durante las temporadas que duro el acuerdo, el filial consiguió luchar en dos ocasiones por el ascenso a la Segunda RFEF, cayendo en las final regional ante el Alcorcón B en la temporada 2021/2022 y en la semifinal regional ante el Getafe B en la temporada 2022/2023. Tras acabarse la temporada 2022/2023, se dio por finalizado el acuerdo de colaboración. Fue fundado en 1976 y desde la temporada 2021/2022 compite en la Primera Federación. Alcalá. Durante lo que restaba de dicha temporada y en la temporada 1994-95, el equipo franjirrojo se trasladó a la vecina localidad de Las Rozas para disputar sus encuentros en el Campo Municipal Dehesa de Navalcarbón mientras tenían lugar las obras. También pasaron por el club Marcos Llorente, que comenzó sus andaduras en el Club Deportivo Las Rozas, y Munir El Haddadi que jugó en el equipo majariego en calidad de cedido llegado desde el Atlético de Madrid. Terminaron en tercer lugar con 14 puntos a tan solo 4 puntos del segundo puesto (1 victoria y 1 empate), por lo que no se clasificaron para un puesto de play-off.
Muestra del crecimiento social del club es la creación de peñas fuera de España, en lugares como Andorra, Uruguay, Japón, Francia, Brasil, Suecia o Australia. El otro hecho relevante fue la transformación del Cerro del Espino en la ciudad deportiva del Atlético de Madrid a partir de 1997, y que implicaba a su vez la aprobación de un convenio con los rojiblancos para dotar al club rayista de una escuela deportiva y de fondos económicos para su desarrollo. El 2 de Diciembre, se disputo el primer partido en el Cerro del Espino tras su reforma, el partido ante el Deportivo de la Coruña finalizó sin goles. Los norcoreanos vencieron a Canadá 5-3, pero luego perdieron ante los soviéticos, terminando en segundo lugar del grupo y clasificándose para los cuartos de final, donde fueron derrotados por Polonia con un marcador de 5-0. Las siguientes dos campañas de clasificación, para la Copa Mundial de 1978 en Argentina y los Juegos Olímpicos de Moscú en 1980, fueron un fracaso. A ese resultado le siguió una trayectoria irregular en la que se produjo una breve caída a Regional Preferente, el regreso a Tercera, dos promociones de ascenso y el retorno a Segunda B en el año 2003/04. Desde su descenso como colistas, los majariegos permanecieron en el grupo VII de Tercera durante las siguientes once campañas.
