Bell abandonaría el club rumbo a los Milwaukee Bucks de la NBA tras la que sería su única campaña en el baloncesto equipacion boston celtics español. Los rumores tornaron ciertos, y Raúl López dio el salto a la presidencia del Obradoiro en octubre de 2010. Este hecho marcaría el inicio de la rivalidad moderna entre Breogán y Obradoiro, así como una etapa de gran incertidumbre en todos los ámbitos para la entidad, que estuvo en serio riesgo de desaparición. Solo una derrota en Manresa en la última jornada impidió al Breogán estar en los play-off por el título. Lisardo fue sustituido por su ayudante, Quique Fraga, y el conjunto celeste sucumbió ante el Basquet Coruña en los play-off de ascenso a pesar de contar con las llegadas de Jeff Xavier y Pep Ortega a mitad de temporada. A pesar de que la afición apoyó de forma incondicional al equipo en su ‘exilio’, este cayó en el play-off de descenso ante el Espanyol. A pesar de haber mantenido a varios jugadores de ACB para la campaña 2006-07, como Alfonso Reyes, el Breogán cuajó una mala temporada, quedando incluso fuera de los play-off por el ascenso. En la 1996-97, el Caja Cantabria de Torrelavega sería el verdugo del Breogán en el play-off de ascenso, y, en la 1997-98, sería el Fuenlabrada quien apearía al Breo, comandado por un viejo conocido de la afición breoganista, Velimir Perasović.
A pesar de un nefasto inicio de temporada, el Breo reconduce la situación y logra la permanencia, con Perasović finalizando como máximo anotador de la ACB (24,5 puntos por partido) antes de marcharse al Taugrés. También anotó 30 puntos en la victoria ante el Winthertur FC Barcelona de Juan Carlos Navarro y de Dejan Bodiroga, entre otros. Terminado el campeonato, el 8 de diciembre Santa Fe jugó un amistoso con el Degerfors de esa ciudad sueca, y que terminó 3° en el campeonato sueco de 1953/1954. El resultado fue un empate, con goles del juvenil puntero derecho Åke Klintberg (17 años) y el interior izquierdo Rubén Padín, y dos tiros en los palos del centrodelantero Juan Carlos Toja. En esta época, entre los jugadores más importantes del club figuraban, además del lucense Manel Sánchez, los americanos Ken Orange y George Singleton, además de Juan Miguel Alonso o José Manuel Cabezudo. Asciende en la 1979-80 a Segunda División y, en la temporada 1983-84, consigue el ascenso a la Liga ACB para la temporada 1984-85, con jugadores como Suso Fernández, Manel Sánchez, Tito Díaz o Tomás Jiménez, que continuarían en la disciplina del Breogán. Julio González, abogado lucense, tomaría la presidencia en sustitución de Antón Bao en 2011. Otra eliminación contundente tuvo lugar en la 2011-12 a manos de un Vive Menorca que contaba con un Óliver Arteaga que había abandonado la disciplina breoganista después de garantizar su continuidad en la que sería la segunda y última temporada de Feldeine como jugador del club.
El Breogán tuvo la oportunidad de cerrar la serie en el cuarto partido de la eliminatoria, pero finalmente sucumbió y perdió la serie por 2-3 tras caer en el último encuentro ante el conjunto orensano en el Pazo Paco Paz, en el que más de un millar de breoganistas acompañaron al equipo. La mayoría de los jugadores del equipo estudiaban en el Colegio Mayor de Nuestra Señora del Rosario, razón que los llevó a tomar el centro de la ciudad como lugar de encuentro después de clases. El acuerdo laboral acordado entre la liga y la Unión de Jugadores (NFLPA), que instaura un sistema de tope salarial, así como al reparto de dividendos entre todos los equipos, ha prevenido a los clubes más ricos de firmar a los mejores jugadores, consiguiendo así que equipos de pequeñas ciudades como los Green Bay Packers o New Orleans Saints tengan la oportunidad de competir por el Super Bowl. A nivel europeo ha disputado en una ocasión la Copa Korać y en dos ocasiones la Liga de Campeones. No volvería a tener una oportunidad así el club lucense para ascender en bastante tiempo. Y aunque su profundidad es un poco escasa, una alineación inicial de Lillard, Simons, Josh Hart, Jerami Grant y Jusuf Nurkic tiene la oportunidad de ser una de las mejores alineaciones de la NBA esta temporada, con muchas anotaciones y, con suerte, suficiente defensa.
El club mantuvo a buena parte del bloque para la 2000-01, destacando las llegadas de Nikola Lončar y Nacho Biota, y también para la 2001-02, acabando ambas con un balance de 13-21. En la 2002-03, Andreu Casadevall volvió a sentarse en el banquillo del conjunto de la ciudad amurallada, y, con incorporaciones como Rubén Garcés, Javi Rodríguez, Joseph Gomis o Jorge Racca, encadenaron una espectacular racha de 8 victorias en los 10 últimos partidos. Con cuatro jugadores provenientes del equipo que había logrado el ascenso, más la llegada de los americanos Jimmy Wright y Jimmy Allen (que tuvo que abandonar el equipo a mitad de temporada) y jugadores nacionales como Tato Abadía, los lucenses finalizaron la primera fase en tercera posición con un balance de 7-7, y la segunda fase, en la 7.ª posición del grupo A-1. Finalmente, en la temporada 2005-06, a pesar de la llegada de Pete Mickeal, que fue en varias ocasiones MVP de la jornada, el club lucense descendería a LEB tras una derrota en la última jornada ante el Forum Valladolid por 84-74. Terminaría así de forma desastrosa una temporada que partía con unos objetivos ambiciosos y en la que incluso lograron tres victorias en los primeros cuatro encuentros.
